Respondiendo a emisiones de radio cercanas al borde del universo conocido, el U.S.S. Enterprise es sacado de curso por Questar M-17, una estrella de masa negativa que implotó. El Enterprise puede establecer una órbita en torno a Questar M-17 y encuentra una extraña nave habitada por unos alienígenas amorfos malignos. Investigaciones posteriores revelan que los ingenieros de la nave no pudieron remover la criatura antes de que intentara destruir la nave.

Eventualemente, la criatura toma control del Enterprise. Kirk y Spock divisan un plan para hacer chocar el U.S.S. Enterprise contra Questar M-17, haciéndole creer a la criatura que el Enterprise será destruído. La criatura se aleja para salvar su vida mientras que el Enterprise se libera de la gravedad de Questar dejando a la criatura orbitando alrededor de la estrella por toda la enternidad.

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Usando el Guardián de la Eternidad, Kirk, Spock, y el historiador Erikson exploran el pasado del planeta Orión. Sin embargo, al regresar al presente, nadie parece reconocer al señor Spock: el primer oficial del U.S.S. Enterprise por los últimos cinco años ha sido un Andoriano llamado Thelin. Una búsqueda en los bancos de memoria del U.S.S. Enterprise revela que Spock, el hijo de Sarek y Amanda murió cuando era un niño; su muerte causa una serie de distorsiones.

Spock recuerda que durante su "kahs-wan" — un ritual Vulcano — Selek, el primo lejano de Spock, le había salvado la vida. Spock se da cuenta que para volver a poner el presente en su lugar deben volver al pasado para transformarse en su propio primo para salvarse a el mismo.

Regresando a su niñez a través del Guardián, Spock se presenta ante su joven alterego como Selek, y subsecuentemente salva la vida del muchacho. En el proceso la mascota "sehlat" del joven Spock es herida mortalmente. El muchacho elije poner fin al sufrimiento de su mascota y de esa manera el mitad humano, mitad Vulcano traza un camino hacia las tradiciones Vulcanas. Al volver al presente, Spock encuentra la línea del tiempo restablecida.

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La tripulación del USS Enterprise descubre que una entidad enorme de otra galaxia que destruye planetas ha entrado en espacio de la Federación y amenaza a cada planeta en la galaxia. La nave intercepta la forma gasesosa en un sector planetario deshabitado. Casi inmediatamente la nube envuelve al planeta Alondra, destruyéndolo en pequeños pedazos en segundos. La nube toma un curso directo hacia al planeta Mantilles, habitado por casi 100 millones de personas. Debido a la proximidad a la nube, el Enterprise es empujado hacia adentro de la misma y se ve amanazado por una barrera de antimateria.

El escudo de la nave dificilmente puede mantenerse mientras Spock descubre que la nave es una criatura viviente con cerebro. También descubre que pueden escapar por la parte superior de la entidad si actúan con rapidez. El Enterprise viaja a través del cuerpo de la criatura mientras que la antimateria circuandante continúa drenando el poder de la nave. Scotty, sin embargo, se las ingenia para crear un sistema de regeneración de energía usando parte del cuerpo de la entidad. Kirk se da cuenta que la única manera de salvar el planeta puede ser haciendo explotar la nave dentro de la criatura. En su lugar, Spock se une mentalmente con la nube y le permite a la criatura tener un vistazo de la vida humana. La criatura entiende de esa manera que su comida - los planetas - contienen criaturas vivientes. La nube le permite al USS Enterprise partir pacíficamente y accede alejarse de la galaxia.

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El USS Enterprise ingresa a un sector no registrado en los mapas estelares donde se han informado desapariciones de naves Klingon y de la Federación cada veintisiete años. Mientras están en el sistema Taurean señales comienzan a afectar a los miembros varones de la tripulación, causándoles alucinaciones de bellas mujeres en lugares pacíficos. Kirk, Spock, y McCoy se transportan hacia la fuente de esas señales. Luego de llegar al planeta son tomados prisioneros por un grupo de bellas mujeres de piel dorada que los dejan inconcientes. Scotty toma el mando del Enterprise pero comienza a actuar en forma peculiar.

Al despertar, Kirk, Spock, y McCoy descubren que están envejeciendo rápidamente como resultado de las bandas que les obligan a usar. McCoy administra cortropine para contrarrestar el proceso de envejecimiento, mientras que Spock, habiendo obtenido un comunicador, sin éxito trata de comunicarse con la nave.

Aborde del Enterprise, Uhura ha tomado el comando de la nave debido al comportamiento irracional de Scotty, mientras que la Enfermera Chapel tomó el lugar de Oficial Médico en Jefe. Uhura ordena se forme un equipo compuesto exclusivamente de mujeres para que se transporte al planeta para rescatarlos. Estas mujeres les explican que han volado allí desde un planeta moribundo llegando a Taurus II donde encontraron una fuerza que succiona la vida. Las mujeres desarrollaron una resistencia biológica a la fuerza, efectiva sólo si puede recargar su fuerza de vida cada 27 años. De esa forma capturan hombres para drenarles su energía. El equipo eventualmente se lleva a los primeros hombres de la tripulación justo a tiempo. Kirk accede luego a transportar a las mujeres a un mundo seguro donde puedan vivir una vez más en forma próspera.

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Mientras regresa al planeta Sherman asotado por el hambre con una cargar de quintotriticale, el USS Enterprise encuentra a una nave Klingon, comandada por el Capitán Koloth, quien está deteniendo al comerciante Cyrano Jones. Kirk rescata a Jones de los Klingon y descubre que está llevando consigo una nueva camada de tribbles que ha sido genéticamente alterada para hacer más lento su proceso reproductivo. Sin embargo, estos tribbles no pueden resistirse a la carga de quintotriticale que el USS Enterprise está transportando. La tripulación del Enterprise rápidamente se da cuenta que su consumo causa que los tribbles crezcan a un enorme tamaño. Tan grandes son, que el animal come tribbles de Jones no los puede devorar.

Los Klingons regresan y exigen qeu Kirk les entregue a Jones, acusando a Jones de robarse el animal come tribbles. En lugar de entregar a Jones a los Klingons, Kirk les devuelve al animalito junto con algunos tribbles.

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Cerca de la Zona Neutral Romulana/Federación, un filántropo predido hace ya mucho tiempo, Carter Winston, es descubierto a bordo de una nave de un sólo hombre dañada. El se reune con su prometida, la Teniente Anne Nored, a bordo del USS Enterprise. Seguidamente a esa reunión, Winston le dice a ella que a cambiado y no puede casarse ya con ella. La computadora del Enterprise revela que Winston es en realidad un Vendoriano, raza que puede cambiar su aspecto. Winston eventualmente toma la forma del Capitán y ordena Sulu a cambiar el rumbo del Enterprise hacia la Zona Neutral, Kirk descubre la maniobra y ordena que la nave sea alejada de la Zona Neutral.

Naves Romulanas, habiendo sido avisadas de la ocupación de la Zona Neutral, rodean el Enterprise. El Vendoriano, disfrazado como un tripulante del Enterprise, daña los escudos deflectores, lo que toma dos horas en ser reparado. Luego, la criatura revela su identidad a Nored, explicándole que su antiguo prometido está muerto pero que dado qeu ha absorbido tantas emociones humanas de los machos, el puede amarla.

Los Romulanos proceden a atacar al Enterprise. Dándose cuenta que ha puesto a su amor en peligro al destruir los escudos, el multiforme cambia su aspecto para convertirse en un escudo alrededor de la nave. Después que los Romulanos se retiran, el Vendoriano revela que es un espía del Imperio Romulano, pero que no puede permitir que Nored muera en batalla. Kirk le informa que será llevado a juicio por sus actos pero que sus esfuerzos por salvar la nave serán tenidos en cuenta. Nored le dice que es muy parecido a su antiguo amor y que disfrutrará la vida en la Tierra, la cual viva quizás junto a ella.

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Mientras visita el planeta recientemente descubiero Phylos, el equipo de descenso del USS Enterprise descubre una ciudad aparentemente abandonada. Mientras explorar la ciudad Sulu toma una planta y es envenenado. Al tiempo que el equipo está tratando de salvar la vida de Sulu, la especie alienígena que habita el planeta se acerca y salva la vida del tripulante oriental. Luego de una investigación de las criaturas alienígena, quienes son unos seres con apariencia de planta que se hacen llamar Phylosianos, la tripulación descubre que el veneno que afecta a Sulu fue accidentemente llevado al planeta por un visitante que subsecuentemente trabajó para encontrar una cura. Los Phylosianos llaman al visitante "Maestro" y "Salvador."

El equipo en el planeta eventualmente descubre que el visitante era el científico Terrano de cuyo nombre era Dr. Starros Keniclius quien ya ha muerto. Ahora un clon gigante del Dr. Starros Keniclius, llamado Keniclius Five, ha tomado su lugar. El gigante desea clonar a Spock para crear un pacificador intergaláctico. Ignorando la insistencia de Kirk de que el Universo se ha transformado en un virtual conglomerado de planetas viviendo en paz, Keniclius Five clona a Spock, llevando al Vulcano casi a la muerte. Kirk se da cuenta que la única manera de salvar a Spock es inculcar la filosofía Vulcana sobre la vida y la muerte y matar a Keniclius Five. Kirk convence al clon de que el nuevo Spock es una mala copia y no el original. El clon de Spock salva la vida del otro a través de la fusión mental Vulcana y el ducplicado queda en el planeta con Keniclius para revitalizar la civilización del planeta.

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Mientras investiga la teoría de la creación, el USS Enterprise es atrapado dentro de un tornado de materia y energía y es empujado al centro de la galaxia. Todos los sistemas computacionales fallaron y la tripulación comienza a perder la conciencia cuando una criatura de apariencia diabólica llamado Lucien aparece en el puente. La criatura repara los sistemas de la nave y toma la tripulación para explorar su planeta, Megas-Tu, pero casi inmediatamente los regresa a la nave.

La tripulación comienza a experimentar con magia. Los Meganos comienzan a tomar conciencia de la tripulación y regresan a la nave en forma de plasma. Ellos regresan a la tripulación del puente del Enterprise a su planeta en el cual un tribunal caza brujas acusa a Lucien de llevar la maldad a Megas-Tu.

Spock y Kirk defienden a la tripulación y a Lucien, pero sus argumentos fallan y Kirk es forzado a usar su magia contra el fiscal. Kirk explica que los Meganos pueden ganar sólo si se vuelven como los terrestres a los que temen. Kirk luego le dice al jurado que dará su vida por los derechos de un alienígena, lo cual impresiona a los meganos. Aprenden que Lucien era el concepto original del dominio terrestre, y los Meganos, se dan cuenta que la visita del Enterprise a su dimensión fue un accidente, ayudando a la tripulación a volver a su galaxia.

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El USS Enterprise regresa al planeta de recreación donde una vez la tripulación tomó un breve descanso. La tripulación comienza a imaginar sus fantasias cuando las cosas salen mal: las visiones de McCoy son de una plantación del sur de la Tierra, pero en su lugar la Reina de Corazones aparece al grito de "¡Cortenle la cabeza!" seguida por la llegada de un mazo de cartas viviente. Cuando Uhura trata de rescatar a McCoy, es caputarada por un robot. McCoy le informa a Kirk de la peligrosa situación, de modo que todos los miembros de la tripulación son llamados a la nave.

Dándose cuenta que Uhura todavía está atrapada en el planeta, Kirk intenta comunicarse con el gobernante del planeta. El equipo de Kirk enviado al planeta descubre la tumba del gobernante, y se da cuanta que el planeta se ha vuelto un mundo peligroso conducido por robots.

Profundamente bajo la tierra, Uhura trata de llegar a la computadora maestra, mientras que Kirk y Spock logran hacerle trampa para acceder a las cabernas interiores. La tripulación convence a la computadora de su utilidad como una consiencia pacifista y creativa y esta cesa el mal funcionamiento del planeta y de la nave. Mientras la tripulación regresa para disfrutar su estancia, Spock continúa la discusión con la computadora maestra.

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El USS Enterprise recibe órdenes de encontrar a Harry Mudd, un malenate de la Federación, en el planeta Motherlode; Mudd es acusado de vender una falsa poción de amor a los mineros. Luego de la llegada del USS Enterprise, Mudd demuestra la poción en una mujer de quien Spock descubre resulta ser una ilusión. Enojados por esto los mineros comienzan a atacar a Mudd, pero es rescatado por el Enterprise. Abordo de la nave, y después de convencer a la Enfermera Chapel de intentar usar la poción en Spock, Mudd se roba un transportador. Cuando Chapel descubre que la poción no funciona en realidad, decide enfrentar a Mudd. Durante un lucha entre Mudd y Chapel, unos cristales especiales del amor se rompen cerca de la ventilación y se expande por toda la nave.

Sin aviso, la poción comienza a hacer efecto en Spock. Al poco tiempo, la poción afecta a toda la tripulación. Spock se enamora tanto de Chapel que hará cualquier cosa por rescatarla. Kirk lo acompaña para encontrar a Mudd, pero son atacadso por enormes criaturas de piedra que habitan en el planeta. Sin poder ser transportados por la nave, ya que la poción afecta a toda la tripulación, Kirk utiliza los cristales para hacer que las criaturas se vuelvan dóciles y amigables. Eventualemente la poción deja de tener efecto y la tripulación es transportada nuevamente a la nave, pero el efecto residual de la misma es odio y animosidad. Mudd finalmente confiesa sus fechorías y es enviado nuevamente a rehabilitación.

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El USS Enterprise recibe un mensaje mientras explora un supernova muerta, Arachna. La única parte comprensible del mensaje, que emana de la estrella Cepheus, es la palabra "terratin." Luego de investigar el Enterprise encuentra un planeta de estructura cristalina, con gran actividad volcánica. Estando en órbita, una relámpago de luz pasa a través de la nave, paralizando a la tripulación.

Luego la tripulación comienza a darse cuenta que la materia orgánica en la nave está encogiéndose; todas las moléculas del cuerpo se están degenerando. Spock calcula que en cuestión de minutos la tripulación completa será de unos centímetros de altura. Usando una escalera humana, la tripulación llega a las consolas del puente para usar su fuerza colectiva para poder presionar los botones del transportador. Kirk se transporta a la superficie del planeta e inmediatamente vuelve a su tamaño original, ya que el tranportador puede cambiar toda materia a la forma originalmente detallada en cuanto tamaño y forma. Estando en el planeta, Kirk encuentra una ciudad en miniatura, pero es transportado de vuelta a la nave de acuerdo a la configuración automática.

Al regresar, el descubre que toda la tripulación ha sido transportada fuera de la nave a la superficie del planeta. Kirk amenzaz a la ciudad en miniatura, demandando el regreso de tripulación. El líder informa a Kirk que el ataque de la luz fue sólo para atraer la atención de la nave, debido a que su ciudad se ve amenazada por las erupciones volcánicas. Spock descubre que los nativos de Terratin son descendientes mutantes de una expedición científica perdida; los sobrevivientes llamaron al planeta Terra Ten. La tripulación es transportada nuevamente a la nave, pero ya que los Terratines no pueden ser vueltos a su tamaño original, la ciudad completa es transportada a bordo de Enterprise para ser llevada a un planeta más estable.

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Mientras explora el Delta Triangle, donde muchas naves han desaparecido, el USS Enterprise es atacado por varias naves Klingon. Durante la pelea, el Enterprise y una nave Klingon caen dentro de una rajadura espacio temporal donde descubren un cementerio de naves que tiene restos de navíos de toda la galaxia. La nave Klingon dispara contra el Enterprise pero el torpedo es neutralizado y los dos capitanes son llevados a juicio por los habitantes de esa dimensión, los Elysia. El concilio está formado por todas las razas del universo y liderado por un Vulcano, Xerius. El explica que nadie ha podido escapar de esta área, de modo que los descendientes de las tripulaciones han aprendido a coexistir en un estado de paz. La violencia no es permitida y todo armamento es inmediatamente neutralizado.

Scotty descubre que la falla espacio temporal está desintegrando los cristales de dilithium del Enterprise, e insiste en que deben dejar la zona o pronto quederán a la deriva. Los Klingons acceden a unir las naves y cooperar para compartir poder warp y personal para escapar. Sin embargo, Spock descubre que el Capitán Klingon, Kor, quiere destruir al Enterprise cuando se liberen de la anomalía usando un dispositivo explosivo en el motor warp. El Enterprise y la tripulación Klingon celebran su escape pero cuando los Klingons tratan de plantar los explosivos, Kirk los detiene. Las dos naves dejan la anomalía y se separan, con Kor reclamando todo el crédito por haber salvado a ambas naves.

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El Enterprise arriba para estudiar al planeta Argo — una planeta basado en agua donde los terremotos hacen que las masas terrestres se undan — para beneficiar a otros planetas de la Federación con terremotos similares. La tripulación desciende en un tranporte especialmente diseñado pero inmediatamente es atacada pro un monstruo marino y Kirk y Spock quedan atrapados.

Cinco días después, McCoy, Scott, y el Teniente Clayton encuentran a los oficiales perdidos; ellos han sido transformados en seres que respiran agua por el monstruo. Kirk y Spock exploran la parte sumergida de Argo y descubren un grupo de habitantes que odian a los seres que respiran aire. Dudándolo, los Aquans acceden a realizar una operación quirúrgica para volver a Kirk y Spock a la normalidad, pero cuando Scotty se sumerge para avisar de un terremoto, se sienten amenazado por el espía de respiración aeróbia. Kirk y Spock son indicados como traidores y sentenciados a muerte. Rila, una de las habitantes del planeta, accede a ayudarlos si lo ayudan a encontrar una ciudad perdida para revertir la mutación.

Tienen suerte y obtinen la medicina nacesaria para ayudar a Kirk y Spock, pero Kirk casi muere de la vacunación. En órbita, el USS Enterprise usa sus phaser disparándo a una zona deshabitada del planete de modo de mover el epicentro del mismo de la ciudad Aquan. Agradecidos por haber sido salvado, los jóvenes Aquans dejan sus archivos disponibles para la Federación y deciden usar la nueva medicina para revertir sus propias mutaciones y resumir de ese modo su vida en la superficie.

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En el transbordador Copernicus, Spock, Uhura, y Sulu están en ruta a la Base Estelar 25 para entregar una caja de éxtasis — un raro artefacto de la cultura Slaver — la cual puede detener el tiempo dentro de manera que cualquier objeto puede durar hasta la eternidad. Los ahora extintos Slavers usaron estos objetos para llevar armas, bienes, y otros instrumentos científicos e información. Las cajas pueden detectarse las unas a las otras y la evidencia muestra que otra caja está localizada en la cercanía. Spock comienza a investigar. La nave desciende en un planeta helado dondo los hostiles Kzinti mienten en una emboscada con una caja de éxtasis vacía. Los Kzinti una vez controlaron todo el imperio pero ahora quieren mantener la paz. Sin embargo, muchos Kzinti todavía toman parte en saqueos contra cargueros de la Federación y buscan armas Slaver para retomar el control de su imperio.

Los Kzinti toman prisioneros a la tripulación del tranportador para llevarse la caja y su contenido. El líder Kzinti obtiene el arma, pero la tripulación logra escapar. Spock roba nuevamente el arma, y Uhura es recapturada. Luego que Sulu crea un explosioón con el arma, esta es recapturada por los Kzinti, quienes son asesinados cuando el dispositivo se autodestruye.

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La desaparición de un equipo de científicos lleva al USS Enterprise a investigar cerca de Lactra VII. La nave estelar Ariel está localizada allí, abandonada, con el Capitán transportado a la superficie del planeta. La tripulación del Enterprise se transporta a la superficie para descubrir una serie de medioambientes inusualmente yuxtapuestos. En el planeta la tripulación encuentra a los Lactrans, un grupo de babosas de veinte pies con capacidades de inteligencia más allá de lo que aparenta; ellos capturan a la tripulación del USS Enterprise y los encarcelan junto con tres miembros de la tripulación del Ariel que han sobrevivido. El Teniente Randolph del Ariel se ha enfermado, pero los Lactrans no están al tanto, ya que sus métodos de comunicación son altamente sofisticados.

Spock puede leer parcialmente las mentes de los Lactran; y se da cuenta que son mucho más avanzados que los Vulcanos y que están entretenidos con sus intentos de comunicación. Spock engaña a un infante Lactran para que le traiga un comunicador y un equipo médico que está fuera de un campo de fuerza. Kirk se contacta con la nave y son transportados junto con el niño. En la nave, el niño lee toda la información contenida en la biblioteca de la computadora, pero los padres del niño están preocupados y casi matan a Kirk en un intento por establecer contacto con él. Scotty se transporta con el niño, quien sabe ahora que los humanos no son mascotas para el divertimento de los Lactran. El niño informa esto a los otros Lactrans, quienes liberan a la tripulación de su confinamiento y la nave abandona el lugar con un mensaje de los Lactrans — "humanos pueden volver cuando crezcan, en 20 o 30 siglos."

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El USS Enterprise arriva al asteroide Vedala, donde Kirk y Spock se enteran de un artefacto religioso robado que puede iniciar una guerra santa intergaláctica, un jihad. Un grupo de especialistas son llamados para recobrarlo junto con Kirk y : Tchar — el príncipe hereditario de Skorr, Sord — un poderos reptil, un maestro abriendo seguros — Em/3/Green, y Lara — una cazadora.

Los Vedalan le dicen al equipo que el artefacto tiene un banco de datos de dos siglos, cuando la gente de Tchar eran guerreros y un líder religioso, Alar, vino a enseñar los fundamentos de la paz. Los patrones cerebrales de Alar fueron preservados en la escultura, el "Alma de Skorr." Ahora el dispositivo ha sido robado y está escondido en el inestable "mad planet" (planeta loco). El Vedala transporta al grupo al planeta donde encuentran un clima hostil, terremotos, ríos de lava, fuertes vientos. Después de escapar de un río de lava, el equipo se encuentran cerca de la posición que Tchar había originalmente elegido desde el aire.

Tchar se adelanta volando para investigar la fortaleza donde se encuentra el objeto. Mientras tanto, Kirk y Lara exploran el terreno. Reunido el grupo, se dirigen a la fortaleza a pie. Al llegar a la escultura, Em/3/Green saca el seguro, pero el equipo es atacado por un grupo de aves mecánicas que protegen el edificio. Llegan dentro del mismo y luego de sobrevivir a una serie de trampas, encuentran la escultura, pero concluyen que fue Tchar quien originalmente robó el artefacto. Tchar admite su traición, diciendo que su gente se ha vuelto una raza dócil y que asegurándose la guerra volverán a ser grandes. Tchar les dice que su misión debe siempre permanecer en secreto así nadie se enteraría de su traición. Kirk y Spock regresan al USS Enterprise notando que, remarcablemente, sólo han pasado dos minutos desde que se transportaron al asteroide.

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Una enfermedad mortal, choriocytosis, ataca en el USS Enterprise. Todos excepto Spock se sanan, ya que la enfermedad sólo es fatal para los Vulcanos. Con la nave en rumbo a la ceremonia de la Academia de la Flata Estelar en Deneb V, Spock se da cuenta que tiene sólo tres días de vida. La cura a la enfermedad es strobolin, el cual sólo se encuentra en algunos pocos planetas en la galaxia, siendo el más cercano, Beta Canopus, que está a cuatro días de viaje.

El USS. Potemkin obtiene la droga y la transporta al USS Huron, en ruta hacia el Enterprise. Sin aviso, el USS Huron es atacado por una nave de designación Orion; la droga y los cristales de dilithium son robados. El USS Enterprise encuentra a la nave Orion en un volátil campo de asteroides detectándolo por los cristales de dilithium que la nave transporta. Kirk intenta negociar un intercambio de drogas para no mencionar los cristales robados, pero los Orions suspechan que es una trampa. Kirk accede a encontrarse con el capitán Orion en un asteroide sabiendo que puede ser una trampa, pero vale el riesgo para salvar la vida de Spock.

El capitán Orion arriva llevando una bomba capáz de destruir todo el asteroide pero Scotty transporta el explosivo al Enterprise y lo descarga. Scotty luego transporta a los dos capitanes y fuerza al Orión a que entregue la droga. Con la medica en sus manos, Spock se salva.

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El USS Enterprise está llevando como pasajero al Comandante Ari bn Bem del planeta Pandro como un observador independiente de la Federación. La Flota Estelar está deseosa de entablar relaciones diplomáticas con los Pandronians, debido a su avanzado conocimiento médico. A pesar de que nunca se unió a la tripulación en misiones anteriores, Bem acompaña al grupo de descenso para explorar Delta Theta III y, debido a su naturaleza no violenta, secretamente remplaza las armas por unas inservibles.

El planeta está habitado por aborígenes preindustriales; la Federación está interesada en reunir información sobre este mundo con fines de investigación. Mientras caminan por un denso terreno, los tripulantes escanean formas de vida emando del bosque y Bem inmediatamente corre hacia ellos contradiciendo órdenes directas. Bem pasa a través de la densa selva. Kirk y Spock se separan pero no pueden seguirlo a Bem. Luego descubren que fue capturado por un grupo de aborígenes.

Scotty y Sulu se transportan de regreso al USS Enterprise y descubren que un campo de fuerza se ha desarrollado alrededor del poblado, pero no pueden contactarse con Kirk o Spock. A la noche, Kirk y Spock tratan de rescatar a Bem de los nativos pero también son capturados. Bem explica que tomó el equipo de la Flota Estelar porque no le gusta la violencia y quería ver cómo un capitán reaccionaría sin ese tipo de dispositivos. Le devuelve el equipo a Kirk y Spock, quienes pueden escapar sólo para ser paralizados por un supernatural campo de fuerza que rodeaba el área.

La entidad les indica que no deber interferir con sus "niños," la gente de este mundo. Bem escapa y Kirk y Spock son capturados nuevamente. La entidad demanda que dejen el planeta inmediatamente, pero Kirk le dice a Spock que no pueden irse sin Bem. Organizar un partida de búsqueda para que se transporte, ahora que la entidad ha dejado que se reestablezcan las comunicaciones. Bem es encontrado y se da cuenta que ha fallado en la misión y debe morir. La entidad le dice que no será asesinado ya que la gente debe aprender de sus errorer. La tripulación regresa a la nave, donde Spock pondera la existencia de esta criatura divina y cómo en realidad todos somos hijos del universo.

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Mientras está estudiando un asteroide, el USS Enterprise es atacado por tres naves Romulanas que reclaman que la nave de la Federación ha transpasado dentro de territorio Romulano. El USS Enterprise se esconde de los Romulanos en un campo gaseoso de energía para evitar los disparos a corta distancia de las naves de guerra.

El gas de la nube entra en las computadoras del Enterprise y afecta sus funciones. Cuando la nave es puesta en reparaciones la computadora procede a jugarles bromas pesadas a la tripulación alterando varias funciones de la nave, así por ejemplo los líquidos se chorrean. Spock es humillado por su propio microscopio, y Scott queda tampado con frutas de un dispensador de alimentos. La tripulación descubre la fuente de esas bromas cuando una ruidosa risa se escucha por el intercomunicador. Sulu, McCoy y Uhura quedan atrapados en el cuarto de recreación y Scott no puee reparar los circuitos lógicos porque la gravedad artificial ha sido cortada. Los sistemas de soporte de vida contienen ahora gas hilarante, el cual le causa dolores a los Vulcanos.

La nave vuelve por si misma a la Zona Neutral, incitando un ataque Romulano. La nave luego le juega una broma los Romulanos creando un globo con la forma del Enterprise. Kirk engaña a la nave para que vuelva al campo de energía, mientras son seguidos muy de cerca por los Romulanos. Mientras están en el campo de energía la computador regresa a su estado normal pero las naves Romulanas se empiezan a ver afectadas por los mismos síntomas. Kirk decide esperar antes de decirle a los Romulanos como quitar al bromista.

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El USS Enterprise arriba a Dramia I para entregar suplementos médicos cuando el Dr. McCoy es arrestado por asesino de masas e impostor. Diecinueve años antes, el doctor había creado un programa de vacunación para el virus Saurian en Dramia II, pero inmediatamente después de su partida una plaga virtualmente barrió a la población.

Kirk, enterada del expedito sistema judicial Dramian, se preocupa sobre el futuro de McCoy mientras "Bones" cree que la plaga puede haber sido su culpa. Kirk y Spock comienzan una investigación de la plaga y se dan cuenta que deben ir a Dramia II para llegar a algunas conclusiones. En viaje, son perseguidos por Demos, el jefe de seguridad Dramian. El USS Enterprise captura la nave y Demos se ve forzado a acompañarlos, la nave pasa por un aurora orbital y los tres se transportan al planeta.

En el planeta, ellos buscan a un sobreviviente de la plaga, Kol-Tai. Cuando finalmente lo encuentran, este cuenta sobre el coraje y habilidad de McCoy que salvaron a los Dramians del virus hace diecinueve años. Kol-Tai accede a testificar a favor de McCaoy, poer la tripulación debe regresar a Dramia I con toda velocidad o será demasiado tarde.

Complicando aún más las cosas, Kol-Tai trae la plaga abordo del Enterprise, e infecta a toda la tripulación, excepto a un inmune Spock. Kol-Tai quizás no viva lo suficiente para testificar, mientras que Demos aún cree en la culpabilidad del doctor y a contraído el mismo la enfermedad. Spock ilegalmente saca a McCoy de la prisión para curar la plaga abordo del Enterprise. En ese momento McCoy descubre que es inocente y que la aurora que recientemene encontraron es la causante de la plaga. Usando muestras de sangre del infectado, McCoy cura la plaga y comparte la información con los Dramians. Demos y el gobierno Dramian acceden a perdonar la liberación heterodoxa de McCoy y perdonan los cargos.

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Una sonda misteriosa que escaneaba un sistema de la Federación y que envía una señal hacia el espacio exterior es perseguida por el USS Enterprise, que sigue sus rastros de propulsión para ver si puede dar alcance a la sonda. Mientras sigue la sonda, el Enterprise encuentra una nave alienígena que está rodeada de un gran campo de energía. La nave alienígena se transforma en forma de una serpiente emplumada revelándose como Kulkukan una antigua leyenda Maya-Azteca. Enojada por haber sido olvidada por los terrestres, Kulkukan transporta a Kirk, Scott, McCoy, y al Insignia Dawson Walking Bear a su nave para resolver un rompecabezas enigmático. Si no tienen suerte, la tripulación perecerá.

Los cuatro tripulantes son transportados a una ciudad tipo terrestre llena de muchas culturas. Cuando pueden resolver el enigma, Kulkukan aparece y alega ser su maestro. Transportada a un "cuarto de vida," los miembros de la tripulación notan a una variedad de criaturas de toda la galaxia, incluyendo un feroz, pero ahora pacífico, poderoso gato Capellan. Kirk explica que no pueden aceptar a Kulkukan como su maestro, más allá a de sus contribuciones con la humanidad.

En el USS Enterprise, Spock descubre la forma de quebrar el campo de energía que rodea a la nave, distrayendo a Kulkukan de los otros tripulantes. Los hombres sueltan a los animales de sus jaulas, creando un caos que Kulkukan no puede controlar. El poderoso felino atrapa a Kulkukan y se prepara a matarlo; Kulkukan es forzado a revelarse como mortal. Kirk salva a Kulkukan y de esa forma le enseña una valiosa lección sobre la sobrevivencia humana. Kulkukan se retira como un viejo mortal, y Kirk decide que el precio del conocimiento infinito es muy alto para pagar.

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El USS Enterprise está escoltando al Comodoro Robert April y su esposa, la Dra. Sarah April, el primer capitán y la jefa médica a bordo del USS Enterprise, a la ceremonia de retiro del Comodoro April en Babel. Mientras estaban en curso, una nave alienígena pasa al USS Enterprise a una velocidad de warp 36 con curso directo hacia la nova Beta Niobe. Ajustándose a la nave alienígena con un rayo tractor, el USS Enterprise es arrastrado, sin poder soltarse; ambas naves caen dentro de la nova y arrivan en un universo de antimateria donde el tiempo corre hacia atrás.

El piloto de la nave alienígena, Karla Five, es una exploradora del universo revertido quien accidentalmente se perdió en nuestro universo. Lleva al USS Enterprise a su mundo, Arret, para ayudar a su tripulación a encontrar una forma de regresar al espacio normal. En Arret, la tripulación encuentra a un viejo, que es el hojo de Karla Five, y un bebé, su padre. La tripulación comienza a darse cuenta que ellos también están volviéndose más jóvenes mientras permanecen en este universo negativo.

Justo a tiempo descubren una estrella muerta que corrensponde a una nova en nuestro universo; es la salida para el regreso del USS Enterprise. Ahora la tripulación es demasiado joven para pilotar la nave, por eso el Enterprise es empujado por la nave de Karla Five. El Comodoro April, ahora es un joven hombre bien parecido, toma el comando de la nave para atravesar la nova. Usando el transportador, April logra llevar a la tripulación a la edad adecuada.

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